還付金の財源？
１ 超過税額の還付
毎月の源泉徴収で預ったお金は仮の税額にすぎず、年末調整の結果、超過税額（還付）が生じる従業員については、会社から従業員に還付しなければなりません。毎月の源泉徴収税額が１０，０００円（年間で１２０，０００円を仮の税額として徴収）、超過税額（還付）が１５，０００円（最終的な年税額は１０５，０００円）とした場合、還付の方法は次のとおりです。なお、いずれの方法も結果（その従業員の最終的な税額）は同じです。
（１）年内最終給与で徴収と還付を行う
給与明細の「控除欄」で、徴収１０，０００円（プラス記入。控除欄のプラス記入なので支給額からは差し引きとなる）と還付１５，０００円（マイナス記入。控除欄のマイナス記入なので支給額に加えることになる）の２段記入する。
（２）年内最終給与で還付のみ行う
給与明細の「控除欄」で、還付５，０００円（マイナス記入。徴収１０，０００円から還付１５，０００円を差し引いた金額）を記入する。
（３）別途還付する
年内最終給与では、通常月と同様に１０，０００円の徴収を行い、還付１５，０００円は別途手渡す。（従業員にとっては、還付されたという実感が湧く方法です。年内最終出勤日や年初の出勤日に還付するのがよいかもしれません。）
２ 還付金の財源？
源泉徴収税額は従業員からの「預り金」ですので、還付金は会社が用意しなければなりません（用意できるはずです）。しかし、預かった資金を別途保管していないことも多く、還付金の財源に窮することがあります。強いて財源というならば、翌年１月１０日までに源泉所得税の納付をする際に、１２月（納期特例の場合は７月から１２月）徴収税額から「超過税額（還付税額）」を差し引いて納付できるということです。
【預り金の保管方法】定められた方法はありません。しかし、専用の預金口座を開設して、そこに源泉徴収した都度預け入れしておくのがよいと思います。特に納税準備預金でしたら納税以外に引き出すことができませんので、運転資金などへ流用してしまう「誘惑」に負けてしまうこともありません。また、納期特例をやめ、毎月の給与支払のときに（銀行に引き出しにいくときに）、その給与についての源泉所得税を納付するのもよいかもしれません。
３ 年末調整の期限
実は、翌年の１月末まで猶予期間があります。かといって、年明けに年末調整することが「推奨」されているわけではありません。年末調整の諸要素（配偶者や扶養親族の所得など）によっては、年内は未確定のものもあります。そこで、年内は「暫定的数値」に基づき年末調整を行い、１月末までの修正可能期間を設けているのです（年末調整の再調整）。これでも間に合わない場合には、個々人が確定申告をします。